我國行政院組織法始於36年所制定，38年時修正，然因隨著國家局勢變動及應世界全球化環境改變已顯有無法因應國家未來發展與變遷，行政院於76年時決定進行行政院組織體制的調整改造，以能有效提升國家競爭力及政府行政效能。
行政院有鑒身為一海島國家，卻在國家海洋事務上未能有集中專責的機關負責統合分散在各部會的海洋事務工作，基此於行政院組織改造中規劃並成立海洋委員會，並將原海岸巡防署納入該委員會所屬，由二級機關調整為三級機關改名為海巡署，另成立同為三級機關之海洋保育署，專責執行國家各項海洋事務之推動與規劃。
107年4月28日，「海岸巡防署」配合行政院組織改造後更名「海巡署」並持續執行海域海岸安全維護、海洋資源保育、國家海權維護等任務，但因組改使得組織編制、架構、任務等造成了改變，並受海洋委員會指導；海巡署在此次組改中與「海洋委員會」間的關係及整體組織結構對執行海洋事務有何影響，「海巡署」組改後未來的任務、發展、功能實施分析瞭解。

The R.O.C.’s Organizational Act of the Executive yuan was enacted and promulgated in 1947, and was amended in 1949. However, with the situations’ changing and globalization, the Executive Yuan made the policy to reorganize itself so as to better make Taiwan more competitive and the government more effective in 1987.
Given that the R.O.C. is an island nation, the Executive Yuan established the Ocean Affairs Council as part of the policy to reorganize itself to better deal with maritime affairs and include the relevant agencies and units. The former Coast Guard Administration is affiliated with the Ocean Affairs Council and tasked with planning and implementation of maritime affairs. Meanwhile, new agencies were established, including the Ocean Conservation Administration.
On April 28 2018, the former Coast Guard Administration was affiliated to the Ocean affairs Council as part of the policy to reorganize itself and tasked with coastal security, marine resources conservation and defending the nation’s sovereignty over territorial waters. However, during the process of the Coast Guard Administration’s reorganization, its organization, structure, and tasks are changed and directed by the Ocean Affairs Council. The tasks, development, function have been analyzed in this study to better understand the influence of the agency’s reorganization on carrying out maritime affairs, and the relation between the Coast Guard Administration and the Ocean Affairs Council.

第一章、緒論 1
第一節、研究動機 1
第二節、研究目的 2
第三節、研究方法 3
第二章、文獻探討與分析 7
第一節、行政院組織改造歷程 7
第二節、海巡署組織改造歷程演變 14
第三節、鄰近國家海域安全執法機關分析概述 17
第三章、組改前後海巡署組織變動差異分析 23
第一節、組改前海巡署編制及其任務 23
第二節、組改後海巡署編制及其任務 38
第三節、組改後海洋委員會與海巡署互動關係及其運作 42
第四章、訪談結果及分析 47
第一節、海巡署組織改造後任務功能分析 47
第二節、海巡署因應未來趨勢發展分析 50
第五章、研究發現與建議 59
第一節、研究發現 59
第二節、研究建議 60
參考文獻 65
附錄一、訪談資料 73
附錄二、海岸巡防法 95
附錄三、海洋委員會組織法 99
附錄四、海洋委員會海巡署組織法 101
附錄五、行政院海岸巡防署組織法 103
附錄六、行政院海岸巡防署海岸巡防總局組織條例 109
附錄七、行政院海岸巡防署海洋巡防總局組織條例 113

壹、中文部分
一、書籍
行政院海岸巡防署海岸巡防總局編著（2015）。《錦秀峰華—海岸巡防總局沿革史》，新北市：行政院海岸巡防署海岸巡防總局。
邊子光（2005）。《海洋巡防理論與實務》，龜山：中央警察大學。
行政院海岸巡防署編印（2002—2018）。《海巡統計年報》。
朱鎮明、曾冠球（2012）。《行政院組織改造後機關委員會統合功能之研究》，台北：行政院研究發展考核委員會編印。
姜皇池（2006）。《設立專業海巡學校可行性之研究》，台北：行政院海岸巡防著委託研究報告。
胡念祖（2001）。《行政院海岸巡防著組織再造研究案》，台北：行政院海岸巡防著委託研究案。
吳東明（2003）。《借鏡美日韓各國、探討我國海巡署發展策略之研究》，台北：行政院海岸巡防署委託研究案。
蕭全政、張瓊玲（2009）。《行政院組織改造效益及其實施方式之研究》，台北：行政院研究發展考核委員會編印。
邱志淳、葉一璋、陳志瑋、鄭敏惠（2010）。《政府組織改造評估—以日本、韓國、中國大陸為例》，台北：行政院研究發展考核委員會編印。
黃朝盟、蕭全政、鄭錫鍇、劉淑惠（2011）。《行政院組織改造回顧研究》，台北：行政院研究發展考核委員會編印。
宋燕輝、彭錦鵬（2012）。《海洋委員會業務規劃與發展》，台北：行政院研究發展考核委員會編印。
陳立剛、王輝煌、陳朝建（2012）。《因應行政院組織改造地方行政機關功能業務及組織調整之研究》，台北：行政院研究發展考核委員會編印。
二、期刊
朱景鵬、謝偉智（2010）。〈行政院組織改造推動方向與執行策略〉，《研考雙月刊》，第34卷第2期，頁16-18。
朱景鵬（2011）。〈行政院組織改造進程及後續推動重點〉，《人事月刊》，第52卷第3期，頁23-37。
朱景鵬（2011）。〈行政院組織改造之展望與挑戰〉，《T＆D飛訊》，第131期，頁1-16。
朱景鵬（2012）。〈國家競爭力的奠基工程—行政院組織改造〉，《研考雙月刊》，第36卷第2期，頁3-10。
朱景鵬（2013）。〈展現政府效能，提升國家競爭力〉，《公共治理季刊》，第1卷第2期，頁10-17。
趙錦蓮、張柏森、林賢文、康心思、朱景鵬（2013）。〈專訪國立東華大學公共行政研究所朱教授景鵬敎授「積極展現政府服務效能，提升國家競爭力」〉，《公共治理季刊》，第1卷第2期，頁10-17。
葉俊榮（2002）。〈行政院組織改造的目標，原則及推動機制〉，《國家政策季刊》，第1卷第1期，頁1-22。
黃國鐘（2002）。〈政府改造與組織重整〉，《律師雜誌》，第279期，頁33-49。
李昌麟（2004）。〈全球政府組織與改造之研究〉，《全球政治評論月刊》，第8期，頁109-¬­130。
吳再居（2004）。〈行政院組織變革之歷史回顧〉，《研考雙月刊》，第28卷第6期，頁39-54。
行政院研考會綜計處（2004）。〈完整組織改造配套措施－行政院功能業務與組織調整暫行條例草案〉，《研考雙月刊》，第28卷第6期，頁30-38。
江岷欽（2004）。〈組織再造與組織學習之芻議〉，《海巡雙月刊》，第3期，頁16-23。
朱龍華（2004）。〈美國海岸防衛隊簡介〉，《海巡論壇》，第5期，頁42-53。
葉俊榮（2005）。〈行政院組織改造之現況與展望〉，《研考雙月刊》，第29卷第6期，頁11-23。
王一中、鄭裕民（2006）。〈我國海洋事務之回顧與前瞻〉，《海巡雙月刊》，第19期，頁36-45。
游乾賜（2006）。〈海巡署之成長與變革〉，《海巡雙月刊》，第21期，頁16-21。
蕭憲隆（2008）。〈以創新思維談-新時海巡的使命與任務〉，《海巡雙月刊》，第34期，頁8-12。
蕭全政（2009）。〈行政院組織改造的部會架構評議〉，《研考雙月刊》，第33卷第3期，頁44-57。
陳德新（2010）。〈行政院組織改造之法制配套措施〉，《研考雙月刊》，第34卷第2期，頁57-62。
宋餘俠、陳鳳美（2010）。〈行政院組織改造變革管理推動構想〉，《研考雙月刊》，第34卷第2期，頁20-34。
顏秋來（2010），〈組織改造員額移撥及權益保障作法〉，《研考雙月刊》，第34卷第2期，頁50-56。
顧尚潔（2011）。〈以人為本－「公務人員對行政院組織改造相關議題的看法」民意調查規劃辦理紀實〉，《研考雙月刊》，第35卷第3期，頁158-160。
石振國、高崇安（2011）。〈我國海洋事務機關組織變遷之研究〉，《中華行政學報》，第8期，頁157-176。
蕭全政（2012）。〈行政院組織改造之回顧〉，《研考雙月刊》，第36卷第2期，頁11-22。
李武育（2012）。〈行政院組織改造之成果及挑戰〉，《研考雙月刊》，第36卷第6期，頁34-41。
蕭文生（2012）。〈行政院組織改造歷史回顧與評析〉，《中正大學法學集刊》，第37期，頁51-116。
黃榮志、陳瑋玲（2012）。〈行政組織理論與實務探討－以行政院新機關組織架構為例〉，《研考雙月刊》，第36卷第2期，頁67-80。
宋餘俠、謝偉智（2012）。〈行政院組織改造之推動與挑戰〉，《研考雙月刊》，第36卷第2期，頁34-41。
宋餘俠、胡雅芳（2013）。〈公共治理與行政院組織體制及職能調整〉，《公共治理季刊》，第1卷第1期，頁61-72。
蔡明月、邱琦茹（2013）。〈人文學引用文獻分析研究〉，《教育資料與圖書館》，第50卷第3期，頁111‐138。
陳鴻瑜（2013）。〈從中國大陸設立「海警局」論東海、南海鄰國強化軍備局勢〉，《展望與探索》，第11卷第9期，頁17‐23。
三、論文
張美容（2002）。〈我國海域入出境法律規範之研究〉，國立臺灣海洋大學海洋法律研究所碩士論文，基隆。
游乾賜（2004）。〈我國海岸巡防機關組織變革之研究〉，國立臺灣大學政治學碩士論文，臺北。
文振維（2005）。〈政府組織調整之研究—以東部地區巡防局為例〉，私立義守大學管理研究所碩士論文，高雄。
趙錦貴（2007）。〈我國海洋事務組織之研究—以海岸巡防署為中心〉，國立中正大學法律研究所碩士論文，高雄。
狄紹唐（2008）。〈行政院海岸巡防署岸海統合之探討〉，國立臺灣海洋大學商船學系研究所碩士論文，基隆。
杜吉祥（2009）。〈海岸巡防署組織變革歷程與影響之探討〉，私立世新大學行政管理系研究所碩士論文，臺北。
劉家欽（2011）。〈我國海洋事務管理組織之研究〉，國立彰化師範大學政治學研究所碩士論文，彰化。
四、網站
行政院國家發展委員會檔案管理局，《行政院組織改造檔案展》，(檢索日期：2018年11月12日)。
行政院國家發展委員會，《行政院設立「海洋委員會」之理由及海岸巡防署組織調整規劃》，2010年3月8日，328&sms=245623737C91E0FC&s=4924F1C8B480CD7A>(檢索日期：2019年2月11日)。
李武忠，〈海洋時代的臺灣機遇〉，《東森新聞雲》，2014年12月18日，<http://www.ettoday.net/news/20141218/440238.htm>(檢索日期：2019年1月2日)。
劉文淵，〈「行政院海巡署」改組將降級 4月更名「海洋委員會海巡署」〉，《蘋果新聞網》，2018年1月13日，(檢
索日期：2019年2月20日)。
百度百科網，(檢索日期：2018年11月2日)。
日本海上保安廳，(檢索日期：2018年11月2日)。
百度百科網，〈中國人民武裝警察部隊海警總隊〉，AD%E5%9B%BD%E4%BA%BA%E6%B0%91%E6%AD%A6%E8%A3%85%E8%AD%A6%E5%AF%9F%E9%83%A8%E9%98%9F%E6%B5%B7%E8%AD%A6%E6%80%BB%E9%98%9F/22678326?fromtitle=%E4%B8%AD%E5%9B%BD%E6%B5%B7%E8%AD%A6%E5%B1%80&fromid=7651010>(檢索日期：2019年5月20日)。
賈磊，〈整合海上執法 終結「五龍治水」〉，《大公網》，2013年3月11日，<http://paper.takungpao.com/html/2013-03/11/content_5_1.htm>(檢索日期：2018年11月7日)。
五、其他
行政院海岸巡防署出國報告，（2017）。《以美國海岸防衛隊為典範，研究專業海巡人員教育訓練與經管制度之銜接》。
貳、英文部分
Aldrich, H. E.（1999）. Organizations Evolving. Thousand Oaks: Sage.
Appe1baum, S. H. et al.（2000）.“Anatomy of a merger (partl, 2)”. Management Decision, 38(9)：649-66 1, 38(10): 674-684.
Burke, W.（2001）. Organization Change: Theory and Practice. Thousand Oaks: Sage.
Chi1d, J. 2005. Organization: Contemporary Principles and Practice. Boston.:B1ackwel1.
Carroll,S. J. & Schneier, C. E.（1982）. Performance appraisal anddevelopment of performance in organizations. GlenviewIllionis : Scott,Foresman.
Mcgee,J.E.,Dowling, M. J.,＆Megginson, W. L.（1995）. Cooperative Strategy andNew Venture Performance：The role of Business Strategy and ManagementExperience.Strategv Management Journal,16,565-580.
Steers R.M.（1998）“Introduction to organizational7 9behavior＂,Glenview,Ill：Scott, Foresman.
Kast,F.E. ＆ J.E.Rosenzweig（1970）.“Organization and Management：A System Approach”. New York：McGraw-Hill,Inc.
Dalton ,G.W. ＆ P.R.Lawrence（1970）.“Organizational Change and Development＂. Homowood：The Dorsey Press.
Epting ,J.T.＆ D.W. Laist（1979）.“Perspectives on an Ocean Management System”. Ocean Develop and International Law,Vol.7,No3-4.
Szilagyi, A. D. Jr.（1984）. Management and Performance. New Jersey:Scott Foresman and Co.
Robbin S.P.（1995）. Organization Theory：Structure Design, andApplications, Fifth Edition, New Jersey：Prentice Hall,Engle-woodCliffs, pp. 381- 409.
Robbins,S.P. （1990）.“Organization Theory：Structure,Design,andApplication（3rd ed.）＂,Englewood Cliffs,New York:Prentice-Hall.
Scott, W. R.（1992）. Organizations: Rational, Natural, and Open Systems.3rd. ed. New Jesey： Prentice Hall.
Robbins,S.P. ,（1997）.“Managing Today＂, Prentice-Hall Inc.
Steers, R.M.（1977）.“Antecedents and outcomes of organizationalcommitment＂, Administrative Science Quarterly,22:46-56.
Mooney & Reiley（1947）.“Principles of Organization”. New York：Harper.
Simon ,H.A.（1950）.“Public Administration”.New York.
Terry G.R.（1962）. “Principle of Management”.4th ed, New York.
Patton ,M.Q.（1990）.“Qualitative Evaluation and Research Methods”. Newbury Park,CA：Sage.